проблемы с мышкой в консоли после выхода из Х

Подобное было в 2.6.2 только в иксах. Это был баг. Поищи в bugzilla на kernel.org или сообщи о баге.

так у меня 2.4.20

взгляни man gpm на предмет флага -R

там что-то сказано про установку fifo в Х. Как это сделать?

У меня была такая же проблема, протсо почитал чего написано в /etc/rc.d/rc.d/rc.gpm, может у тебя этогго нет:

# There is another way to run GPM, where it acts as a repeater outputting a
# virtual MouseSystems mouse on /dev/gpmdata. This is useful for feeding
# gpm's data to X, especially if you've got a busmouse (in that situation X
# and gpm may not coexist without using a repeater). To try running a GPM
# repeater for X, change the gpm command line to look like this:
# gpm -R msc -m /dev/mouse -t ps2
# Then, make sure that the mouse configuration in your XF86Config file refers
# to the repeater device (/dev/gpmdata) and a MouseSystems mouse type. If you
# edit the file directly, you'll want the lines to look like this (minus the
# comment marks '#' shown here, of course):
#Section "Pointer"
# Protocol "MouseSystems"
# Device "/dev/gpmdata"