В nautilus можно ходить по адресам вида sftp://user@host, что есть ssh.
Проблема следующая: на openssh 5.5p1 всё работает, на 5.6p1 - нет. Параметры сборки абсолютно идентичны.
Подозреваю что косяк где-то в апстриме, поэтому очень интересно, как обстоят дела в других дистрибутивах (в первую очередь archlinux).