Удаление нескольких семафоров одной командой?

Зачем? Поставьте в крон или на старт/стоповый скрипт этой программы скрипт типа:

ipcs | grep $owner (ну или что-там еще) | awk '{ print $2 }' | xargs ipcrm -s

Вы же стартуете снова эту программу. Вот перед стартом она и может чистить за собой.

программа сама не удаляет и запуститься не может из-за этого

ваш вариант не работает

[denis@v34221 ~]$ ipcs | grep denis | awk '{ print $2 }' | xargs ipcrm -s
ipcrm: already removed id (491520)
ipcrm: unknown argument: 524289
usage: ipcrm [ [-q msqid] [-m shmid] [-s semid]
          [-Q msgkey] [-M shmkey] [-S semkey] ... ]

по ходу сразу несколько id передаётся

в итоге сам выродил такое решение на основе вашего

 for i in `ipcs -s | grep username | awk '{print $2}'`; do ipcrm -s $i; done

В xargs там просто с аргументами нужно аккуратней. А for - да, попроще будет.