До сих пор Gkrellm использовал старый механизм вывода шрифтов, сохранившийся еще со врмен gtk1. Но в версии gtk2.4 он перестал нормально работать. Для решения этой проблемы автро решил использовать для отображения шрифтов Pango. Помимо решения пробелм с gkt2.4 это позволит выводить сглаженные шрифты и (о чудо!) наконец не надо редактировать файл темы руками! Достаточно выставить шрифты в окне конфигурации и все!
Все кто хочет попробовать новый gkrellm смотреть здесь: http://web.wt.net/~billw/gkrellm/Bugs.html