Gentoo и SCSI на этапе установки

modprobe ?

Не понял, система грузится? А все ли работает? Ну кроме fdisk?
Если да, тогда ищите файл /dev/sda или создайте его вручную командой /dev/MAKEDEV. Либо у вас стоит поддержка devfs, тогда ищите свой диск среди /dev/ide/ или /dev/scsi/, точнее не скажу, т.к. эту штуку пока не включал.

Директрии /dev/scsi и /dev/ide есть, но в них ничего. Создаю вручную MAKEDEV sda, такая ошибка mv: cannot move 'sda-' to 'sda-': Operation not permitted.

Помочь не могу, я эту хрень (devfs) пока не настроил. Или спросите у Джекила, или уберите её из ядра. А потом установите девайсы вручную, или возьмите из дистрибутива.

dmesg в студию
модель scsi-контроллера в студию

Gentoo использует devfs по умолчанию, без пересборки ядра от него не откажешься. Отсутствие файла устройства в /dev говорит только об отсутствии в памяти драйвера(ов) scsi-контроллера и прочих. Первый пост был в яблочко - используй modprobe. Когда нужный модуль будет загружен, все файлы появятся сами, никакой MAKEDEV тут не спасёт.