Не сохраняется файл настроек leafpad

Традиционно, проверь права и владельца каталога, в который должен записываться этот файл. И самого файла.

А размер окна, емнип, и многие wm запоминать умеют.

В настройках ничего о размере окна нет, файла конфигурации в хомяке нет. В Openbox'e у меня размер окна сохраняется, значит как уже сказали это делает WM, вот правда я не знаю каким образом он это делает.

Странно, ведь когда я поменял права доступа к файлу настроек, то размер окна стал запоминать.

Извиняюсь, затупил. Конфиг Leafpad'a лежит в ~/.config/leafpad/leafpadrc и в нем прописана версия, размер окна и используемый шрифт, так что все правильно, проблема у вас была в правах на файл конфига.