Телепаты в отпуску

В чём может быть проблема?

В том, что ты не сообщил никакой полезной информации, которая помогла бы решить твою проблему.

Хоть логи покажи что-ли...

при загруке появляются сообщения из него

Хоть логи покажи что-ли...

Ну там не логи, там просто выводится строка «Starting xl2tpd...». Она выводится из скрипта http://pastebin.com/ZpVt5zwd

В syslog нашёл это (но возможно это не отсюда, просто в процессе настройки l2tp было куча ошибок), но это последняя запись:

Dec 24 15:37:21 localhost xl2tpd[2718]: setsockopt recvref[22]: Protocol not available 
Dec 24 15:37:23 localhost pppd[2735]: Cannot determine ethernet address for proxy ARP

Когда вручную запускаю — всё нормуль.

xl2tpd запускается после того, как сеть настроена?

В смысле? xl2tpd запускается из rc.local самым последним. Уже rc.inet1 запущен. Сам pppd нигде не запускается, его потом запускает xl2tpd.

Если вы в смысле всех настроек (pppd,xl2tpd), то я уже все конфиги настроил, они работают (если я вам пишу). Сам pppd ещё запускает скрипт /etc/ppp/ip-up, в котором я прописываю маршруты (route add ...): http://pastebin.com/S9g8LzuT

Повторюсь, что хотя Starting xl2tpd... выводися при загрузке, ничего не работает — xl2tpd не запущен, pppd не запущен, маршруты не прописаны. Но стоит вручную выполнить ./rc.xl2tpd, как всё поднимается. Вообще, какая разница между тем, что запускает «система» и тем, что запускаю я?

Нет, я именно в смысле порядка загрузки /etc/init.d. Если xl2tpd запускается в конце, все должно быть в порядке.

ничего не работает — xl2tpd не запущен, pppd не запущен

Проверяли при помощи ps? Что в /var/log/messages или /var/log/syslog?

Попробуй в скрипты запуска вписать полные пути до xl2tpd, или экспортировать вначале PATH содержащий все необходимые пути.
Ну и ещё увеличь разговорчивость демона и посмотри более подробные логи. Иногда причины очень дурацкие.

>Вообще, какая разница между тем, что запускает «система» и тем, что запускаю я?

Ну, если умничать, то можно сказать про SeLinux, тогда есть разница. Но у вас Слака, ИМХО, вся разница в том, что запускается после /etc/rc.d/rc.xl2tpd

В syslog нашёл это

У вас же в логи пишется время, с чего вдруг «но возможно это не отсюда», есть же время первого сообщения с момента загрузки... Читайте всё внимательно, то что вы привели, это ничего не значащие сообщения, они, скорее всего появились в результате ручного запуска rc.xl2tpd.