LINUX.ORG.RU

[ImageJ]Не открывает .zvi


0

1

Есть кучка файлов .zvi, которые надо бы открыть с помощю сабжа. Плагин: ZVI_Reader. При попытке открыть целевой файл сообщение: "Could not extract pixel data." и окно Exception с содержимым:

java.lang.NullPointerException
	at ij.io.ImageReader.readRGB48(ImageReader.java:552)
	at ij.io.ImageReader.readPixels(ImageReader.java:790)
	at ij.io.ImageReader.readPixels(ImageReader.java:826)
	at ij.io.Opener.openTiffStack(Opener.java:609)
	at ZVI_Reader.run(ZVI_Reader.java:87)
	at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:184)
	at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:151)
	at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:140)
	at HandleExtraFileTypes.tryPlugIn(HandleExtraFileTypes.java:272)
	at HandleExtraFileTypes.tryOpen(HandleExtraFileTypes.java:180)
	at HandleExtraFileTypes.openImage(HandleExtraFileTypes.java:236)
	at HandleExtraFileTypes.run(HandleExtraFileTypes.java:37)
	at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:184)
	at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:151)
	at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:140)
	at ij.io.Opener.openWithHandleExtraFileTypes(Opener.java:405)
	at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:282)
	at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:301)
	at ij.io.Opener.open(Opener.java:137)
	at ij.RecentOpener.run(RecentOpener.java:19)
	at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)

А перед этим... Плагин в виде исходных кодов. При компиляции предупреждения, однако, собирается и устанавливается:

/home/valentin/Downloads/ij-plugins/ZVI_Reader.java:131: warning: [unchecked] unchecked call to put(K,V) as a member of the raw type java.util.Hashtable
        img.put(theC, new ImageStack (sWidth,sHeight));
               ^
/home/valentin/Downloads/ij-plugins/ZVI_Reader.java:342: warning: [unchecked] unchecked call to add(E) as a member of the raw type java.util.Set
      Z_Set.add(new Integer(theZ));    
               ^
/home/valentin/Downloads/ij-plugins/ZVI_Reader.java:343: warning: [unchecked] unchecked call to add(E) as a member of the raw type java.util.Set
      C_Set.add(new Integer(theC));    
               ^
/home/valentin/Downloads/ij-plugins/ZVI_Reader.java:344: warning: [unchecked] unchecked call to add(E) as a member of the raw type java.util.Set
      T_Set.add(new Integer(theT));    
               ^
/home/valentin/Downloads/ij-plugins/ZVI_Reader.java:347: warning: [unchecked] unchecked call to add(E) as a member of the raw type java.util.Vector
      blockList.add(zviBlock);
                   ^
5 warnings

Это всё мне ни о чём не говорит. Ничего путного не нагуглил.

Система openSUSE 11.3; ImageJ 1.43u.

Предупреждения эти не должны ни на что влиять. Это обращение к коллекциям через старый интерфейс, без указания типа данных. Но оно должно работать.

Что касается NullPointerException, то это очень похоже на баг. Либо ввод неправильный (файлы, например, битые).

Имеется ведь версия 1.44 (правда, только в виде исходников), может, ее попробуете?

proud_anon ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от proud_anon

Собрал из git. Кричит, что не может найти javac,

Unable to find the javac compiler, which comes with the Windows and Linux versions of ImageJ that include Java in the ImageJ/jre folder.

java.home: /usr/lib/jvm/java-1.6.0-openjdk-1.6.0/jre

то же самое, если ставить из репозитория. Чуть раньше пытался решить — ни фига, информации практически нет, только на Ланчпаде упоминается; пробовал делать по аналогии, как говорят там в комментариях — без эффекта. Уже всё, что надо, все компоненты, установлены. Что оно вообще от меня ещё хочет??

valentin_v13 ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от valentin_v13

>Что оно вообще от меня ещё хочет??

Странно, только что собрал, и оно работает. Правда, у меня JDK от... э... Оракла.

А переменная среды JAVA_HOME (должна указывать на каталог с JDK) выставлена при запуске программы? Хотя, если собирали ant'ом, должна стоять.

proud_anon ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от proud_anon

Собирал из git скриптом — ничего. Собрал ant'ом — то же.
Переменую среды не указывал, но попробовал указать — то же.

JDK от... э... Оракла

Да, он же. Он, ведь, в ПМ отображается как пакет «jre»?

Можно пример переменной?

valentin_v13 ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от proud_anon

Так, с компилятором кое-как разобрался. Нагородил костыль: утащил директорию jre вмсете со скриптом run из 1.43 в скомпилированную 1.44.

valentin_v13 ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от proud_anon

Спасибо. Теперь стало яснее. У меня, видимо, какой-то бардак в джаве.

Ошибка с открытием повторяется. Потом попробую с другим файлом и/или в Убунте.

valentin_v13 ★★★
() автор топика
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.