С установщиком пакетов разобрался. Теперь после установки пакетов окно программы остается. Если ли магические настройки для остальных конфигурялок?
Жутко бесит, что, например, менеджер разделов закрывается каждый раз, а настраивать все за раз противоестественно, а применение настроек закрывает окно программы.