Два раздела примонтированы в одну директорию

Один поверх второго? Ну и что?

К.О. мне говорит, что это может кончится чем-то плохим.

Он вас нагло обманывает :-) Это всего лишьк кончистя тем, что надо будет сделать два umount прежде чем шатдаунить систему

Ну так я файл туды записал, на какой раздел он пошел?

На тот, который был примонтирован позже