pivot_root можно сделать в уже запущенной системе?

Сделать можно, но запущенным процессам может стать плохо если они внезапно не обнаружат нужные им файлы в ожидаемом месте. Открытые дескрипторы афаик не пострадают.

ну это то понятно) интересно даже, с какими именно ошибками они вывалятся

Ну, может Вы нам об этом и расскажете.

З.Ы. Казалось, что Вам это нужно для дела, а оказывается, для общего развития...

вообще мне это на для initrd-дела :3 но я обязательно попробую поиздеваться просто так над процессами