Я тестировал у себя jfs,xfs,reiserfs,ext3 и как ни странно
по таким показателям как создание, распаковка tar и копирование
больших катологов выйграл ext3. Во всех файловых системах
использовались опции монтирования по умолчанию.
Конечно все это очень субьективно, поэтому при выборе файловой системы
все лучше протестировать самому.