Opera не дает остальным приложениям работать

Не сталкивался, но может быть тебе поможет установка static версии? (если у тебя shared, конечно). Еще может помочь временное переименование ~/.opera или установка оперы в другое место.

а что top говорит?

Сорри всем, глюк не в Опере. Глюк появляется собственно при коннекте к интернету, использую wvdial. Top говорит:
top - 20:14:05 up 8 min,  4 users,  load average: 0.29, 0.20, 0.09
Tasks:  51 total,   1 running,  50 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
Cpu(s):  8.0% us,  2.9% sy,  0.0% ni, 85.2% id,  3.8% wa,  0.1% hi,  0.0% si
Mem:    256188k total,   206836k used,    49352k free,    12328k buffers
Swap:   522104k total,        0k used,   522104k free,   115824k cached

  PID USER      PR  NI  VIRT  RES  SHR S %CPU %MEM    TIME+  COMMAND           
    1 root      16   0  1472  544 1316 S  0.0  0.2   0:00.62 init  

При всем при этом тормозят не все приложения, а где-то около половины. Перечислять, думается, смысла нет. PS тоже показывает, что все нормально. Странно как-то...

А по моему есть смысл все перечислить. Забрось сюда вывод комманды "ps aux".

Есть еще такое предположение, что это что-то системное сильно глючит. Какое у тебя ядро (версия, используемые патчи, самосборное-ли?). Можешь поставить новое (переделав конфиг с нуля (желательно без извратов)) и посмотреть, что получится. Как вариант можешь скачать с ftp.kernel.org ядро 2.4.27 и попробовать его ;)

Еще попробуй вспомнить, что ты изменял такого системного (например добавлял что-нибудь типа "echo "128 0 64" > /proc/... Кстати, в опере нажми alt-p и посмотри настройки "история и кэш" (history and cache). Может там какой-нибудь изврат стоит?

Кстати, я правильно тебя понял, что глюки проявляются при открытой опере, в которой не открыто ни одной страницы?