> Пропатчить нужно было.
1) Удаляйте результат своей сборки (make uninstall, если повезёт)
2) Собирайте правильным способом
mkdir openvpn
cd openvpn
apt-get source openvpn
apt-get build-dep openvpn
cd openvpn*
<...> # здесь патчите
dpkg-buildpackage -us -uc
dpkg -i ../*deb
Готово! И никогда больше не делате make install. Если очень нужно, воспользуйтесь checkinstall.
Если нигде не найдёшь, то компильни, да и установи куда-нибудь в /usr/local/ чтобы с системными не пересекался, а /etc/init.d/openvpn или что там, вытащи из родного пакета для африканской погремушки и запускай им, ну может там ещё пути нужно будет в скрипте поменять на правильные, для бинарей и конфигов.