Проблема в том, что после нескольких часов работы иксы начинают отъедать 100% cpu и все соответственно становится очень медленным... Опытным путем выяснил, что проблема скорее всего в xcompmgr, если его перезапустить, то все проблемы как рукой снимет.
x11-misc/xcompmgr-1.1.5
xcompmgr -cCfF -r7 -o.65 -l-10 -t-8 -D1
Как исправить положение? Перспектива перезапускать каждый раз - не очень радует...