программа для удаленного обновления сайта

scp? Копирование по ssh?

Ты когда спрашиваешь, лучше описывай что программа делает. Тут многие виндов в качестве веб-серверов давно не видели.

scp -- команда безопасного копирования файлов, использующая ssh. Соответственно должна быть везде, где есть openssh (и может быть в других реализациях ssh тоже). Детали -- см. в man scp.

rsync over ssh

> rsync over ssh

Именно так. Вроде scp, но синхронизирует целое дерево файлов, качая лишь изменившиеся.