Если стоит "[x] Auto save setup" и выполнить изменение параметра в .config/mc/ini, то при выходе эти изменения теряются, приходится выйти из _всех_ запущенных mc и только тогда сторонней программой вносить изменения.
Предлагаю следить за изменением данного файла и если произошло его изменение, то не перезаписывать его при выходе (и даже если стоит опция автосэйва).