В общем, нужно было мне поправить исходники. Все поправил, запаковал обратно в .tar.bz2, положил в /usr/portage/distfiles, пытаюсь его установить, но не получается. Как я понял - portage сверяет хеш суммы скачанного архива, и если они не совпадают, то архив с исходниками автоматически начинается качаться с репозитория.
Есть ли возможность обойти этот подводный камень и установить программу именно из своих, исправленных сырцов?