Как отключить кнопки под тачпадом (не отключая сам тачпад)?

С помощью setkeycodes/xmodmap переназначь на "".

Кейкоды можно узнать с помощью xev.

Механически.

Это отключает не только механические кнопки, но и левый клик при коротком касании к тачпаду.

Это хорошая мысль, надо исследовать.

У себя такое делал. Лавсан с канифолью (чтоб не елозил и в случае гарантии смыть) под каждую кнопку и чуть паяльника. Отключает кнопки независимо от ОСи, среды, драйверов и пр.