[Ubuntu][lib-notify] не работает --expire-time

Есть ли возможность заставить работать --expire-time в Гноме

Нет. Тема стара как мир. Патченый lib-notify в убунте не умеет --expire-time.

notification-daemon - как его перезапустить, чтобы внизу старые уведомления все поисчезали?

Есть ppa с патченным (код, конечно, кривоват) - notify-osd-customizable. В зависимости от версии системы может подойти.