У меня всегда был заремаплен CapsLock на Control. Делалось это в файле ~/.Xmodmap так:
remove Lock = Caps_Lock
remove Control = Control_L
keysym Caps_Lock = Control_L
add Lock = Caps_Lock
add Control = Control_L
gaga@gaga:~$ xmodmap ~/.Xmodmap
xmodmap: /home/gaga/.Xmodmap:1: bad keysym in remove modifier list 'Caps_Lock', no corresponding keycodes
xmodmap: /home/gaga/.Xmodmap:3: bad keysym target keysym 'Caps_Lock', no corresponding keycodes
xmodmap: 2 errors encountered, aborting.