lirc не собирается

а как ядро ставишь?ручками?

Run 'make oldconfig && make prepare' on kernel src to fix it.

пробовал?

Ему модуль ядра/обозначенная опция нужна, нет?

Вероятно, /usr/src/linux указывает либо на директорию ядра предыдущей версии, сорцы которого уже удалил портеж, либо на директорию свежеустановленной версии, которая еще не сконфигурирована и не собрана. Соответственно, либо укажи eselect kernel актуальную версию или установи снова сорцы старой версии (в первом случае), либо подготовь новое ядро (во втором случае).

Это то? http://shtsh.blogspot.com/2012/03/udev-gentoo.html

// Выхлоп портажа не читал.

If your LIRC device requires modules, you'll need MODULE_UNLOAD support in your kernel.

eeebox ~ # zcat /proc/config.gz | grep -i unload
CONFIG_MODULE_UNLOAD=y
CONFIG_MODULE_FORCE_UNLOAD=y

сейчас соберется свежее ядро, попробую пересобрать