В Fedora есть возможность установить систему, указав раздел как шифрованных. Тогда при загрузке спрашивается пароль. А куда копать, чтобы при загрузке пароль не спрашивался, а брался из файла, лежащего не на зашифрованном /boot.
Предвосхищая вопрос: На фига, отвечу - /boot планируется разместить на флешке. Типа воткнута - грузимся. Нет - причмокиваем. :)
P.S. Fedora ковыряю 17'ую, которая скоро выйдет.