Тут не все телепаты, знаете ли. А по уровню вопроса вполне можно предположить, что «замечаете», когда делаете «ls /»
А по сабжу: можно посмотреть всякие /etc/cron.d, /root/.bashrc etc. Ну и всегда можно демона через inotify повесить и, при появлении файла, сохранить инфу о создавшем процессе.