Собственно, сабж. Для меня удобно оказалось так, чтобы diff выводил не так как обычно, ну к примеру вот так:
nicon@nicon-gentoo ~ $ zcat /proc/config.gz | diff - /usr/src/linux-3.2.1-gentoo-r2/.config
3c3
< # Linux/x86_64 3.2.12-gentoo Kernel Configuration
---
> # Linux/x86_64 3.2.1-gentoo-r2 Kernel Configuration
116,117c116
< CONFIG_IKCONFIG=y
< CONFIG_IKCONFIG_PROC=y
---
> # CONFIG_IKCONFIG is not set
324c323
< CONFIG_NR_CPUS=4
---
> CONFIG_NR_CPUS=64
404a404
> # CONFIG_KEXEC_JUMP is not set
416a417
> CONFIG_ARCH_HIBERNATION_HEADER=y
419c420,422
< # CONFIG_HIBERNATION is not set
---
> CONFIG_HIBERNATE_CALLBACKS=y
> CONFIG_HIBERNATION=y
> CONFIG_PM_STD_PARTITION=""
543c546
< CONFIG_IA32_AOUT=y
...
