Решился таки. Прочитал официальное samba migration how-to. Перевел 100 машинный офис, где Samba PDC была 2.2.12. Несколько машин потеряли возможность авторизоваться со следующим сообщением в логах:
[2005/02/18 09:30:30, 0] rpc_server/srv_netlog_nt.c:get_md4pw(261) get_md4pw: Workstation COMP1$: no account in domain
При этом, "машинный аккаунт с $ в окончании" для станции COMP1 - заведен!!! Более того, проблема пропадает, если отучить машину от домена, и заново приучить ее (не внося _никаких_ изменений со стороны сервера!) Беда с "машинными аккаунтами" затронула 7 машин в офисе, остальные продолжали функционировать. Похоже, что при каких-то условиях, демон не может получить доступ к файлу smbpasswd. Права на него - 600, root:root. Возможно, дело в чем-то еще.
Вторая проблема значительно серьезнее. У некоторых пользователей непонятным образом затерся профиль. Т.е. пересоздался, поверх нормальной копии. Пользователи потеряли документы, настройки, содержимое рабочего стола. Проблема носит массовый характер, на данный момент обратилось более 30 человек. В конфиге от 2.x самбы осталась строчка - "logon path =", которая раньше оказывала простое воздействие - перемещаемые профили просто выключались (что и нужно).
Вот такие серьезные трудности возникли при миграции :( Если кто-то подскажет о причине возникновения всех этих проблем (и способы решения проблемы с профилями!), буду очень благодарен.