Нужен способ обработки изображений электрофореза днк.

Подсунуть растр в pgfplots, легенду описать ручками.

Судя по примерам в гугле, там без растра никак?

без растра там к сожалению никак, ты прав.

Если используется latex, то нужны картинки в формате eps (лучше вектор, но можно перегнать туда и растровые изображения с помощью утилит sam2p или bmeps)

Если используется pdflatex, то нужны картинки в формате pdf (вектор) и png (растр).

Картинки лучше делать в специализированных программах вне LaTeX.

Всякие подписи можно вставлять с помощью psfrag (подмена меток на указанный текст) или с помощью стандартных примитивов graphicx — ручная выставка.

Вот только судя по вопросу, ТСу придется для начала месяц-другой почитать учебники по латеху.

Картинки лучше делать в специализированных программах вне LaTeX.

Я хотел чтобы мне посоветовали именно этих программ :)

psfrag

пойду посмотрю, чем может помочь psfrag

1. Изображения привести к одному знаменателю с помощью ImageMagick'а.

2. Написать скрипт, генерирующий что-то типа:

\begin{figure}[x]
\includegraphics{file.name}
\caption{caption.here}
\end{figure}

\begin{figure}[x]
\includegraphics{another.file.name}
\caption{caption.here}
\end{figure}

... 

3. Компилируешь в итоговый документ.

Если картинки уже готовы, достаточно ImageMagic для преобразования их в png/jpg/pdf (если генерируется pdf) или eps (если генерируется ps).

ребята, вы меня не правильно поняли/я совсем вас запутал. Зря я начал тему 2 часа ночи.

Мне нужно сделать из https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/60/Gel_electrophoresis_2.jpg , примерно такое http://www.igb.fraunhofer.de/content/dam/igb/de/images/molBio/pharmaproteine/... . На цвет и содержание внимание не нужно обращать(это просто из гугла). Т.е. мне нужно сделать (однотипную)легенду к большому кол-ву изображений. Как работать с LaTeX'ом я знаю. Просто мне пришла в голову мысль, что люди, которые пишут часто статьи по биологии, должно быть, пользуются либо какими-то специальными пакетами из LaTeX'а, либо используют сторонний софт.

Мне просто не хочется провести пару дней рисуя рамки вокруг каждого изображения в каком-нибудь графическом редакторе.

Подозреваю, что та картинка получена каким-то спец. софтом, обрабатывающим эти спектрограммы. Если его нет — можно в гимпе прикрутить текст. А можно прямо в латехе.

Спец. софта нет, даже названия не знаю.

А можно прямо в латехе.

ну собственно хотел бы посмотреть на пример этой магии.

Первое, что приходит в голову — вставить таблицу с надписями, а ее фоном — картинку. Еще как вариант — латеховские средства рисования использовать.

imagemagick делает очень корявые eps из растра.