запретить руту автостарт иксов

Видимо у вас в /etc/bash/bashrc, если у вас shell - это bash || sh прописана команда startx или другая запускающая X сессию.

Измените ей так:

test "$LOGNAME" != "root" && <команда запуска X>

Ничег похожего на старт иксов не нашел. У меня дебиан, если что.

Покажите:

echo $SHELL

Так же содержимое файлов:

/root/.bash_profile
/root/.bashrc

/bin/bash же

Везде дефолт:
.profile
.bashrc

Где содержимое первого файла /etc/bash/bashrc ?

Покажите:

ls -ls /bin/bash

есть /etc/bash.bashrc.
http://pastebin.com/3fsKR1xP

А у тебя не systemd, случайно? :)

Что-то странное, ни где не видно запуска xorg-server`а.

Т.е. вы просто переключаетесь на консоль, заходите под любым пользователем и происходит запуск X сессии от этого пользователя ?

Покажите /etc/inittab .

Upstart вроде бы :)

Да, иксы сами стартуют. Меня это в первый раз удивило, но виртуальной консолью почти не пользуюсь, поэтому забыл :)
http://pastebin.com/m2LJVwF3

Ещё есть ~/.bash_profile и ~/.bash_login

Вы сами сделали автозапуск X-ов при логине на tty или это по умолчанию было?

Таких файлов нет. Автозапуск не делал, оно само :)
А вообще грешу на то, что ставил из netinstall и по незнанке что-то упустил.

Я Дебиан знаю не достаточно хорошо, во всяком случае я не знаком с описанным вами поведением по дефолту. Странно, что здесь ещё никто не ответил, вроде дебианщиков много.

Попробуйте разобраться сами. Для начала попробуйте определить как именно запускаются X-ы. Залогиньтесь в консоли, чтобы запустились X-ы и посмотрите дерево процессов, чтобы было видно, есть ли там login, bash, startx или там другие команды.

Посмотреть можно примерно такой командой:

ps axfuwww | grep -C 1 ' [t]ty6 '

Вместо шестёрки подставить номер консоли, где логинились. Если там будет startx, то можно погрепать его по /etc и по /root.

Покажите /etc/inittab

Вот-вот, id:3:initdefault:

Вылечилось апдейтом