Проект Mono обеспечит совместимость Silverlight с Linux

примерно так же, как и с джавой

Это особый exe, в Windows такой наверняка не запустится или не заработает. Это примерно то же, что linux-специфичное java-приложение.

каким образом проходит реализация экзешника в линуксе (вайн не брать в учет)

Это специфично для моно, и «бинарники» в той же «монодевелоп» не собираются, а собираются именно exe. Запустить такой моно-exe можно отдав команду «mono name_program.exe».

Этот *.exe содержит CIL-байткод, который mono перед запуском компилирует в натив.

Это особый exe, в Windows такой наверняка не запустится или не заработает. Это примерно то же, что linux-специфичное java-приложение.

отлично запустится. MZ там только для совместимости с Win а дальше идет CLI-код

В общем случае - да, но куски GNOME и dbus (зависимости docky) для Windows можно и не собрать.

а дальше идет CLI-код

точнее CLI код завернутый в PE с указанием архитектуры cli

а вообще мне Mono понравился тем что можно невозбранно декомпильнуть бинарь и/или либу (в том числе проприетарную, что и было сделано) и понять как эту фигню использовать самому.

Это особый exe, в Windows такой наверняка не запустится или не заработает

Кто тебе такое сказал? При наличии .NET Framework подобающей версии или mono под винду и нужных бибилиотек - запустится и заработает за милую душу.

А окнами оно как управляет - средствами GTK? А dbus под виндой работает?

Было бы забавно получить под Windows два разных дока.

По сравнению с майкрософтовским, это поделие ничего не умеет воспроизводить.

file docky.exe

в студию.

Проект <Не нужен> обеспечит совместимость <не нужен> с Linux

obvious fix