У меня уже мозг кипит. Вот кусок выхлопа emerge -uavDN --keep-going world:
The following mask changes are necessary to proceed:
(see "package.unmask" in the portage(5) man page for more details)
#required by dev-ruby/rdoc-3.12[ruby_targets_ruby19]
# /etc/portage/package.mask:
#<dev-lang/ruby-1.9
=dev-lang/ruby-1.9.3_p286
Ruby не стоит (стоял, вынесен, ибо перестал быть нужен), в глобальном списке флагов запрещён явно, в portage.use ни одного упоминания ruby нет, переменная RUBY_TARGETS пустая (не установлена). Сам rdoc тоже не стоит. Не понимаю, зачем портеж пытается его установить?