В домашнем каталоге в .Xresources:
Xft.dpi: 96
Для полного счастья можно еще DisplaySize указать в Section "Monitor" xorg.conf, например, для 1024х768 при 96 dpi будут такие значения:
DisplaySize 270 203
Для других разрешений считать так:
x[mm]=25.4*RESX/96, y [mm]=25.4*RESY/96