Всё нормально

Они не пропали, их перенесли и переименовали, x11-libs/qt-core в dev-qt/qtcore и т.д. Выполни eix-sync && dispatch-conf. Если не поможет, то ручками удали компаненты qt и сделай emerge -uNDv @world.

Синкнулся и сделал dispatch-conf, не помогло. А эти пакеты qt-* у меня KDE требует, я не могу взять и снести его.

Буду ждать, пока мэйнтейнеры оверлея kde поправят ебилды.

А вам самому их не поправить ? Да, это сложно, взять и заменить x11-libs/qt-core на dev-qt/qtcore и т.д. и после выполнить ebuild kde-....ebuild digest.

Естественно после этого не синхронизируйте оверлей KDE, а лишь обновите систему.

UPD:
Кроме того уже все изменения в оверлее прошли, навскидку вот: http://git.overlays.gentoo.org/gitweb/?p=proj/kde.git;a=blob;f=kde-base/marbl...

Почему-то sync'а не хватило, пришлось переподключить оверлей. Все, вроде, теперь все в порядке.

гм... а нахрена это сделали?

http://web.archiveorange.com/archive/v/xyj2T21fMp1SW55RX2Tt
http://wiki.gentoo.org/wiki/Project:Qt/Meeting/2013-01#2._Qt_category_move

Вообще такого не должно было случиться - видимо ты синканулся до того, как Gentoo Infra остановили процесс синхронизации rsync-зеркал с cvs-репозитарием(на время миграции). Синкайся еще раз: у меня утренняя синхронизация прошла успешно:

pinkbyte@oas1 ~ $ eix qtcore$
[I] dev-qt/qtcore
     Available versions:  (4) 4.8.4 4.8.4-r2 ~4.8.4-r4
        {{aqua c++0x debug +exceptions +glib iconv icu pch qt3support ssl}}
     Installed versions:  4.8.4-r2(4)(20:00:03 11.02.2013)(exceptions glib iconv qt3support ssl -aqua -c++0x -debug -icu -pch)
     Homepage:            http://qt-project.org/ http://qt.digia.com/
     Description:         The Qt toolkit is a comprehensive C++ application development framework

P.S. Не забудь локальный оверлей обновить, если у тебя там есть qt-based ебилды

У меня там один только udev, который больше не нужен.

Выстави через eselect профайл по новой. И сделай etc-update.