Virtualbox на длительный аптайм.

Течёт.

Нормально. У меня больше трех месяцев одна виртуалка на коробке сидит, сегфолтов и утечек не было.

Лучше qemu. Как минимум тем, что ksm умеет.

Нормально. У меня почти год висела (и не одна). Тогда это был ещё 4.0.

Лучше kvm, а чистый qemu оставить для эмуляции микроконтроллеров.

qemu-kvm, естественно.