balcklist.conf . Загружается то, что загружаться не должно.

Оно вкомпилено в ядро?

Не, модуль. Что характерно, на других машинах это срабатывает, только на одной не работает.

Может оно по зависимостям тянется?

Ды я не думаю, что там есть такое, что хочет ipv6, там только интернет раздается, nfs шары, nginx и dnsmasq, есть еще некоторые штуки, но они от юзера запускаются и модули подгружать просто не смогут.

Если используешь initrd, то возможно, что у тебя там старый blacklist.conf и модуль грузится до того, как подмонтируется /. В таком случае, нужно сгенерировать новый initrd

Да, использую. Посмотрим.