gentoo, make.conf

Перемещаю /etc/make.conf в /usr/portage - то же самое.

Зачем ? make.conf может находиться в /etc/make.conf или /etc/portage/make.conf.

Прописываю «gd» в /etc/make.conf в список USE флагов, запускаю emerge -v php - оно говорит, что не установлен gd. Запускаю USE=«gd» emerge -v php - всё работает

Прописывайте флаг в /etc/portage/package.use .

mkdir /etc/portage/package.use
echo 'dev-lang/php gd' >> /etc/portage/package.use/php

Скорей всего что-то прописано /etc/portage/package.use, что перекрывает

Поставил будильник на 8, просыпаюсь в 9-40, перевел стрелки на 8-00, пошел на работу, выдали штраф за опоздание. Что за?

Как-то не так прописываешь. Полный make.conf в студию!

Прописывайте флаг в /etc/portage/package.use

По идее, и из make.conf должно работать (я, начав пользоваться гентой, туда все и прописывал, а потом удалял, пока не разобрался с package.use).

Доставили бы Вы его сюда в полном объеме.