В логах апача
Fri Jul 12 10:59:51 2013] [error] [client 213.109.0.69] suexec policy violation: see suexec log for more details, referer: http://site.ru/?do=file-650817 [Fri Jul 12 10:59:51 2013] [error] [client 213.109.0.69] Premature end of script headers: php, referer: http://site.ru/?do=file-650817
такая проблема на всех сайтах VPS только при работе CGI без него в логах чисто.
если проблема тут /etc/php5/cgi/php.ini как её найти или что ещё нужно посмотреть? в .htaccess перенаправлений не нашёл.