Очистка кеша BIND

это зависит от размера кеша BIND

нет, зависит от negative ttl, который ты получишь от авторитативного сервака.

каким образом можно сделать так чтобы бинд чистил кеш через какой то период?

rndc flush

ну а почему тогда зона начинает резолвиться, если сделать как раз таки этот rndc flush

flush Flushes all of the server's caches.

Он это один раз делает. «зона резолвится» - это бинд уже заново скачал.

Чтобы кеш регулярно сбрасывался, закинь rndc flush в крон. Ну или читай как это делается через named.conf