Нужо нарисовать полупрозрачный прямоугольник через GD. И что бы он смешивался с уже существующим фоном!
Делаю так:
my $im = new GD::Image("/home/azq2/1.gif");
$im->trueColor(1);
$im->alphaBlending(1);
my $red = $im->colorAllocateAlpha(255,0,0, 127 / 2);
$im->filledRectangle(0, 0, 99, 99, $red);
Но на выходе: http://i.imgur.com/ojrwSFw.png
:(