В документе написано:
Copy isolinux.bin, a config file called "isolinux.cfg" (see syslinux.doc for details on the configuration file), and all necessary files (kernels, initrd, display files, etc.) into this directory, then use the following command to create your ISO image (add additional options as appropriate, such as -J or -R):
mkisofs -o <isoimage> \ -b isolinux/isolinux.bin -c isolinux/boot.cat \ -no-emul-boot -boot-load-size 4 -boot-info-table \ <root-of-iso-tree>
Куда надо копировать "all necessary files": в isolinux/boot.cat или в <root-of-iso-tree>? И вообще, что такое boot.cat?
PS: Я забыл, в загрузочном диске Gentoo тоже isolinux используется?
