Имеется дерево каталогов, условно такое:
a/
1/
x.foo
2/
y.bar
3/
z.baz
и каталог с более новыми одноимёнными файлами, сваленными в кучу:
b/
x.foo
y.bar
z.baz
Что требуется: брать файлы из b/ и заменять ими одноимённые в подкаталогах a/
Имена каталогов и файлов могут быть самые разные.
Надеюсь, понятно описал. В тегах поставил баш, но вообще без разницы, чем это сделать, был бы результат.