В ходе переписки с товарищами, которые разработали довольно интересную крупнозернистую (coarse-grained) модель ДНК для моделирования молекулярной динамики и Монте-Карло, выяснилось, что у них затык с доработкой MPI версии.
You are right. The MPI version is experimental, and at the moment does not run in parallel (which we agree would be the whole point). A decent MPI programmer (none of us is) should be able to make it work in very few steps, so we put it out with that hope.
А так как людям, в частности мне, бывает интересно работать с большими, даже с учетном cg, системами, параллельность нужна как воздух.
Проект oxDNA разрабатывается, преимущественно, группой физиков из Оксфорда. Написан на C++, лицензия GPLv3.
Исходники лежат по ссылке.
Тут постоянно люди ищут проекты для приложения собственных сил, возможно кто-то заинтересуется и сможет помочь.
Вознаграждения отсутствует, максимум - я могу угостить пивком при встрече в ДС или ДС2.
