3 Гбит/с вместо 6 Гбит/с

Может быть зайти в BIOS и переключить?

Не нашел ничего похожего, переключалка только между AHCI и IDE

Значит на вашей дешевой фигне такая возможность заблокирована в биосе. Пишите письма в спортлото.

SATA Version is: SATA 3.1, 6.0 Gb/s (current: 3.0 Gb/s)

Откуда строчка? Покажи dmesg. Может система тебе хочет сказать, что твой SATA3 накопитель воткнут в SATA2 разъем.

smartctl

[    2.835885] ahci 0000:00:1f.2: AHCI 0001.0300 32 slots 6 ports 3 Gbps 0x4 impl SATA mode
[    3.185746] ata3: SATA link up 3.0 Gbps (SStatus 123 SControl 300)
[    3.189933] ata3.00: ATA-8: PLEXTOR PX-128M5Pro, 1.06, max UDMA/133
[    3.192075] ata3.00: 250069680 sectors, multi 1: LBA48 NCQ (depth 31/32), AA
[    3.194793] ata3.00: configured for UDMA/133

Похоже таки да

к вашей проблеме не относица, но не могли бы вы дать выхлоп hdparm -I с него, и заодно попробовать выставит hdparm -B1 -S1 ?

Так ты запусти тесты чтения на SSD, и затем сравни с теми что выкладывают в интернеты. Хотя выше уже все нашли причину.

Строчка

[    3.185746] ata3: SATA link up 3.0 Gbps (SStatus 123 SControl 300)

У тебя штеуд.