Вредно ли постоянное обращение к харду?

Своп? iotop посмотри.

>Что заставляет систему постоянно обращаться к харду?

это создается дисковый кэш

>Не вредно ли это винчестеру?

Вредно. И процессору вредно работать. И памяти. А уж аккумулятору как вредно все время заряжаться-разряжаться! Лет через двадцать винчестер может даже поломаться.
Вас это беспокоит? Вы хотите об этом поговорить?