Откуда знаиш что это именно из-за hdd? может это шлейф к сидирому поцеплён бошкой вверх или лампочку диода/контакты рядом с ней замкнуло или что то с ней произошло?

>чем(как) еще можно диагностировать ?

hdparm может полезную информацию выдавать. Мониторы производительности типа gkrellm conky посмотреть стату скорости по диску.

> Откуда знаиш что это именно из-за hdd?

у dvd-rw (IDE) свой диод есть на морде, он не горит, в нем нет диска, пользуюсь им редко, шлейф в порядке (недавно диск писал)
светодоид гаснет при окончании загрузки, потом чере минут 5-10 загорается - так сейчас и горит
причем когда перезагружался, защел в bios - светодиод все горел, а не должен был, потом загрузился (при этом отметил более долгое время определение cd-rw) - светодиод погас (после полной прогрузки), но через 5 мин опять загорелся

hdparm -tT /dev/sda
/dev/sda:
Timing cached reads: 6706 MB in 1.99 seconds = 3361.70 MB/sec
Timing buffered disk reads: 228 MB in 3.01 seconds = 75.78 MB/sec
вроде нормально

для дополнительной проверки конечно новый винт нужен, тогда яснее станет

Может помочь
sysctl vm.block_dump=1

Светодиод на матери который выводитится не сигнализирует о работе жесткого диска он сигнализирует о том что идет io по pata/sata шинам. Например если идет войнушка между приводом и веником на одном ide канале то такое может быть, можно пропбовать разнести девайсы на разные каналы и поиграться с мастером/славой.

ide - sata
dvdrw - ide
попробую вытащить лишнее

vm.block_dump тоже попробую

вытащил cdrw, floppy, продул пыль - пока все нормально
пусть день поработает, потом буду втыкать по одному

было такое. шлейф питания от второго IDE харда отцеплен, а дата-шлейф - нет