Идея такая:
1) монтируем корнем aufs, причем как первое устройство указываем один диск, а как второе устройство - другой диск
2) проводим всякие реконфигурации (все изменения попадают на второй диск)
3) запоминаем изменения на первый диск
4)...
5) количество обращений к первому диску заметно падает, ставим ssd -> profit
Никто не видел подобного?