Необходимо скачать последний stage3 при помощи wget и распаковать его в /mnt/gentoo. Делаю так:
wget -r -l1 -nd -nv ftp://mirror.yandex.ru/gentoo-distfiles/releases/amd64/current-iso/ -A "stage3-amd64-nomultilib-*.tar.bz2" -O - | tar -xpj -C /mnt/gentoo