Как спрятать линукс-разделы?

Никак. офтопу для C: нужен первичный раздел.

У партишен междика (хоть досовского, хоть виндового) есть фича - скрыть раздел (Hide partition). Но зачем прятать линуксовые разделы? Винда и так нормально станет. Сделай фатраздел активным, и смело ставь масдай. Но будь морально готов к тому что она тебе МБР перезапишет (придется лилу или груба заново записывать) - запасись дискетой с линухом!

Если это не win95/98/me, ставь как угодно.

Ещё на всякий случай сделай бэкап важных данных на линуксовом разделе..