Аналог API win32 GetTickCount() в Linux

Зависит от того, для чего нужна функция.

Если важно знать время, прошедшее с момента перезагрузки, то надо читать первое число из /proc/uptime и умножать на 1000 (так делает утилита uptime из coreutils).

Если важно знать время, прошедшее с какой-то условной точки в прошлом, и не важно, что это момент перезагрузки, то можно поработать с результатом вызова gettimeofday().

См. реализацию GetTickCount() в WINE:

http://cvs.winehq.org/cvsweb/~checkout~/wine/dlls/kernel/kernel_main.c?rev=1....