Мне кажется, что в начале собирается ядро, а потом модули.
Мне не известна причина, почему происходит так.
Но при сборке ядра может понадобится собрать initramfs
а в initramfs может потребоваться поместить некоторые модули.
Получается, что сначала должны собираться модули, потом initramfs, а только потом ядро.