Если Ubuntu сначала поставить на VirtualBox, а потом перенести на хард-загрузку, она сильно отличаться будет?

Да никак не повредит, обычная миграция с машины на машину. Если делать грамотно, конечно.

Если железо типовое-ходовое/не самое новое — ты можешь и разницы не заметить.

В принципе нет. Нужны будут, разве что, некоторые изменения при переносе. Например, удалить виртуалбоксовские guest-utils, поставить дрова на реальную GPU, если надо.

initramfs в Убунте какая генерируется – универсальная или под конкретное железо? Если второе, то перенос без бубна может не взлететь.

По умолчанию универсальная.

Чтобы генерировалось неуниверсальное, надо ставить пакет linux-image-virtual. ТС этого не делал, КМК, поэтому всё должно просто работать.

затем перетащить это на хард диск

А как перетащить? Или диск сразу проброшен в виртуалку?

с vdi на реал диск